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[[Archivo:Estructura tematica 1986.jpg|left|thumb|300px|Estructura temática del Atlas Nacional de España de 1986]]En 1986, la dirección del Instituto Geográfico plantea la posibilidad de elaborar un nuevo Atlas Nacional que completara y actualizara la anterior publicación. Así, por aprobación del Consejo de Ministros de 13 de junio de 1986, se procede a preparar y estructurar el proyecto del Atlas Nacional, elaborando un índice general que recogiera los diferentes aspectos y temas a tratar.
En 1987 se pone puso en marcha este proyecto multidisciplinario, organizado en trece secciones que comprenden 48 grupos de trabajo, en los que se tratan trataban todos los aspectos de la geografía física y humana de nuestro país a través de la cartografía.En la realización del nuevo Atlas Nacional participan participaron distintos ministerios y organismos de la Administración General del Estado, las Administraciones de las comunidades autónomas, y distintos especialistas que aportan aportaron la información necesaria para la elaboración de la cartografía temática.
La obra se compone componía de XIII Secciones temáticas que se dividen a su vez en Grupos, y se publicaron tanto los Grupos en 45 fascículos independientes como agrupados en Tomos de gran formato (5 tomos más 1 tomo que incluye el índice toponímico, con más de 2.200 páginas y más de 4.500 mapas en total), y que cubrían la totalidad de temas que componen la realidad geográfica del país.
En 1991 se edita editó el primer grupo, Problemas Medioambientales. La primera edición completa de la obra finaliza finalizó en 1997.
La estructura temática y el formato de este Atlas fueron una novedad con respecto al inacabado del año 1965. Se consiguió realizar una obra de gran envergadura que supuso un gran salto cualitativo y cuantitativo con respecto a etapas anteriores.
[[Archivo:Grupos temáticos.jpg|25px|link=http://www.ign.es/web/ign/portal/libros-digitales/libros-atlas-nacional-espana#ane19862008]] [http://www.ign.es/web/ign/portal/libros-digitales/libros-atlas-nacional-espana#ane19862008 Atlas Nacional de España 1986-2008]
[[en:ANE:Background]]
