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La riqueza de la '''fauna marina''' aún está por conocer completamente. No obstante, España posee áreas clave para aves marinas en Baleares, Canarias, bahía de Cádiz, rías Baixas, costa da Morte, delta del Ebro, bahía de Almería e isla de Alborán. Espacios como el sur de Fuerteventura, banco de la Concepción al nordeste de Lanzarote, cañón de Avilés, delta del Ebro-Columbretes o montañas submarinas de Alborán, son relevantes para cachalotes, calderones, tortugas, tiburones, túnidos y delfines residentes, todos incluidos en la [https://www.miteco.gob.es/es/biodiversidad/temas/biodiversidad-marina/espacios-marinos-protegidos/red-areas-marinas-protegidas-espana/red-rampe-index.html Red de Áreas Marinas Protegidas de España (RAMPE)].
España presenta un elevado número de '''especies endémicas''', especialmente anfibios y peces continentales. Los anfibios endémicos se concentran en áreas aisladas, como en Pirineos el tritón pirenaico (''Calotriton asper'') o en la Cordillera Cantábrica la salamandra rabilarga (''Chioglossa lusitanica''). En Mallorca, el aislamiento promovió la especiación a partir del sapo partero, originando el sapo común (''Alytes obstetricans'') y el balear o ferreret (''Alytes muletensis''), mientras que en la Península la fragmentación del relieve permitió diferenciar al sapo ibérico (''Alytes cisternasii'') y al bético (''Alytes dickhilleni'').
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En los endemismos ictícolas continentales el aislamiento entre cuencas fluviales facilita la especiación por pérdida de flujo genético, generando taxones únicos, algunos de ellos representados en el mapa de ''[[:Archivo:Espana_Principales-peces-continentales-endemicos_2018_mapa_19320_spa.jpg|Principales peces continentales endémicos]]''. Así ocurre con el jarabugo (''Anaecypris hispanica''), exclusivo del Guadiana medio y bajo, o la pardilla (''Iberochondrostoma lemmingii''), presente en las cuencas del Tajo, Guadiana, Guadalquivir y Odiel. Los barbos muestran endemismos por toda la península: de amplia distribución destacan el barbo común (''Luciobarbus bocagei'') en Duero y Tajo y el barbo comizo (''Luciobarbus comizo'') en Tajo y Guadiana; otros tienen presencia más limitada, como el barbo de montaña (''Barbus meridionalis'') en cuencas gerundenses, el barbo de Graells (''Luciobarbus graellsii'') en Asón, Ebro y Ter, o el barbo cabecicorto (''Luciobarbus microcephalus'') en el Guadiana.
Esta riqueza está amenazada por contaminación, reducción de caudales y presas que bloquean la dispersión, así como por especies introducidas. Destaca el caso del cangrejo de río (''Austropotamobius pallipes''), diezmado por el cangrejo rojo americano (''Procambarus clarkii''), que lo desplaza y le transmite el hongo mortal ''Aphanomyces astaci''.
En la costa mediterránea, especialmente la levantina, los cauces cortos y aislados favorecen la especiación y endemicidad. Ejemplos son el fartet (''Aphanius iberus'') en albuferas y marismas desde Alt Empordà hasta Adra (Almería), y el samaruc (''Valencia hispanica''), distribuido en marjales entre el delta del Ebro y el golfo de Valencia.
[[Archivo:Espana_Grandes-lagartos_2018_mapa_19319_spa.jpg|left|thumb|300px|Mapa: Grandes lagartos. 2018. España. <br>[//centrodedescargas.cnig.es/CentroDescargas/busquedaRedirigida.do?ruta=PUBLICACION_CNIG_DATOS_VARIOS/aneTematico/Espana_Grandes-lagartos_2018_mapa_19319_spa.pdf PDF]. [//centrodedescargas.cnig.es/CentroDescargas/busquedaRedirigida.do?ruta=PUBLICACION_CNIG_DATOS_VARIOS/aneTematico/Espana_Grandes-lagartos_2018_mapa_19319_spa.zip Datos].]]
Los '''grandes lagartos''' tienen limitados sus movimientos. En la Península conviven cuatro especies: lagarto verde (''Lacerta bilineata'') en la zona atlántica y norte, lagarto ocelado (''Timon lepidus'') en la mediterránea, lagarto verdinegro (''Lacerta schreiberi'') en la franja transicional entre ambos, y lagarto ágil (''Timon lepidus''), restringido al Pirineo (Andorra, Cerdanya, Ripollès), con distribución más amplia en Europa y Asia. En Canarias, el aislamiento insular ha generado alta diversidad y endemicidad entre lacértidos: lagarto atlántico (''Gallotia atlantica'') en Fuerteventura, Lanzarote y este de Gran Canaria; lagarto de Gran Canaria (''G. stehlini'') en Gran Canaria y este de Fuerteventura; lagarto de Lehrs (''G. caesaris'') en sur de Tenerife, La Gomera y El Hierro; lagarto tizón (''G. galloti'') en Tenerife y La Palma. Otros, como el lagarto gigante de La Gomera (''G. bravoana''), el lagarto canario moteado (''G. intermedia'') y el lagarto gigante de El Hierro (''G. simonyi'') presentan áreas muy reducidas, siendo este último emblemático con menos de 10 km². En Baleares, solo existen lagartijas endémicas (''Podarcis lilfordi'' y ''P. pytyusensis''), mientras que en Columbretes aparece la exclusiva sargantana de las Columbretes (''Podarcis atrata'').
Los '''mamíferos terrestres''' muestran, en general, mayor capacidad de desplazamiento y migración que peces, anfibios o reptiles, aunque varía según la especie. Un juvenil de lobo (''Canis lupus signatus'') puede recorrer más de cincuenta kilómetros diarios, mientras que algunos lagomorfos se limitan a pocos kilómetros. Un grupo destacado es el género ''Lepus'', que cuenta con cuatro especies de liebres con distribuciones particulares: la liebre europea (''Lepus europaeus''), de mayor tamaño, ocupa desde el Pirineo oriental hasta Picos de Europa; la liebre ibérica (''Lepus granatensis''), más pequeña y endémica, habita buena parte de la Península y Mallorca; la liebre de piornal (''Lepus castroviejoi''), de tamaño intermedio, se restringe a los piornales y brezales de la Cordillera Cantábrica; y la liebre magrebí (''Lepus schlumbergeri'') aparece en Melilla y Ceuta, preferentemente en cultivos y matorral bajo cerrado.
Un ejemplo de distribución particular lo ofrecen los '''grandes cápridos''' de España. La cabra hispánica o cabra montés (''Capra pyrenaica''), endemismo peninsular, contaba con cuatro subespecies, de las que ''C. p. lusitanica'' y ''C. p. pyrenaica'' se extinguieron en el siglo XIX y finales del XX, respectivamente. Actualmente, la cabra montés habita las grandes cadenas montañosas ibéricas, aprovechando roquedos y pastos esenciales para su desarrollo. Junto a estos, destacan otros ungulados, como el ciervo (''Cervus elaphus''), el corzo (''Capreolus capreolus''), el gamo (''Dama dama'') y el jabalí (''Sus scrofa'') que, gracias a la ausencia de depredadores, la expansión del matorral y la recuperación de bosques, ha incrementado su presencia.
Por último, es importante destacar que, en el momento actual, como se observa en el mapa ''[[Archivo:Espana_Aves-e-invertebrados-relictos_2018_mapa_19324_spa.jpg|Aves e invertebrados relictos]]'', también se localizan especies relictas, cuya presencia se explica por el devenir climático y geológico que ha sufrido la península ibérica.
La alternancia de periodos glaciares e interglaciares durante el Cuaternario generó desplazamientos norte-sur de especies, haciendo de la Península un refugio para la fauna del centro y norte de Europa en los periodos fríos, mientras que en los periodos interglaciares fue el paso obligatorio de las especies entre Europa, África y el Mediterráneo. De esta forma, se explica la presencia de aves boreales como el urogallo (''Tetrao urogallus''), la perdiz nival (''Lagopus muta'') y el mochuelo boreal (''Aegolius funereus'') en nuestro territorio, del mismo modo que se explica la distribución disyunta de la mariposa isabelina (''Graellsia isabellae'') en localidades aisladas de montañas orientales de España y un pequeño sector de los Alpes franceses.
